Kooperative Forschung mit dem RKI: Entwicklung von Pipelines für die Analyse von Next Generation Sequencing ­Daten (NGSPipes)

Projektziel ist die Entwicklung von Auswerte-Pipelines zur automatisierten Analyse von Hochdurchsatzdaten. Dadurch soll ein schnellerer Transfer aktueller wissenschaftlicher Erkenntnisse in die praktische Anwendung erfolgen. Diese Pipelines sollen zur Effizienzsteigerung bei der Auswertung wissenschaftlicher Projekte dienen als auch die Reproduzierbarkeit und Vergleichbarkeit erhaltener Ergebnisse sichern. Zudem werden wertvolle Erkenntnisse bezüglich des effizienten und hochqualitativen Wissenschaftstransfers in der Bioinformatik gewonnen und der wissenschaftlichen Community zur Verfügung gestellt werden. In einer Kooperation mit der HTW wird die dort vorhandene hohe Fachkompetenz im Bereich der Softwareentwicklung mit einer umfangreichen Erfahrung in der automatisierten Analyse von Hochdurchsatzdaten im BI-Support am RKI verknüpft. Die entstehenden Pipelines werden unter einer open source-Lizenz zur Nachnutzung durch die gesamte wissenschaftliche Community bereitgestellt. Des Weiteren ist die Veröffentlichung von Publikationen sowohl zu den Pipelines selber als auch zu dem Vorgehen, welches als Muster für die kooperative Entwicklung hochqualitativer wissenschaftlicher Software dienen kann, beabsichtigt.

Projektlaufzeit

1.2.2020 - 31.1.2023

Projektleitung

Projektmitarbeiter/innen