Innovative Technologien für Biobanken (BB-IT-Boost)

Biomaterialsammlungen gehören heute zum Alltag der meisten medizinischen Einrichtungen. Es besteht ein akuter Bedarf an routinetauglichen IT-Lösungen, um Bioproben umfassend und spezifisch erfassen, klassifizieren und auswerten zu können. Ziel des geplanten Verbundvorhabens ist die Erforschung und Entwicklung von Tools für ein modernes Biobanking, das den Dynamiken neuer Forschungsvorhaben und komplexer diagnostischer wie auch therapeutischer Fragen gerecht wird, insbesondere im Rahmen einer personalisierten Medizin. Besonders relevant ist die gezielte Suche nach Kollektiven mit bestimmten Eigenschaften. Hierzu müssen Daten mehrerer Ebenen parallel ausgewertet werden. Im Fokus steht die Verknüpfung von quantitativen Daten aus Virtuellen Schnitten mit genetischen NGS-Daten auf der Grundlage einer durch Textanalyse sicher gestellten Eignung der Proben. Die auf dieser Grundlage möglichen Auswertungen sollen die Zusammenführung von an mehreren Standorten vorhandenen Daten zu einem Patienten ermöglichen. Zwei Formen der Verarbeitung stehen im Vordergrund, die schnelle Analyse in Echtzeit (Eingangskontrolle von Proben) und die nicht zeitkritische Analyse im Kontext der Recherche nach Probenkollektiven auf Grundlage einer
wissenschaftlichen oder klinischen Fragestellung. Aufgrund des extrem hohen Datenumfangs sollen Analyse- und Recherche-Algorithmen untersucht und mit Hilfe von Methoden des Parallel-Computing prototypisch implementiert werden. Ein weiterer zentraler Aspekt resultiert aus dem besonderen Schutzbedarf medizinischer Daten. Ziel ist es daher, Konzepte und Lösungen für die datenschutzkonforme Speicherung und Verarbeitung multidimensionaler medizinischer Daten in vernetzten Biobanken zu entwickeln.

Projektlaufzeit

1.7.2015 - 30.6.2019

Projektleitung

Projektmitarbeiter/innen

  • M.Sc. Björn Lindequist
  • Michael Witt

Kooperationspartner

  • KIT Karlsruhe
  • Charité

Mittelgeber

Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF)

Förderprogramme

Ingenieurnachwuchs